ベイズの定理でコロナPCR検査を考える

1 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:28:33.727 ID:ogRG5a9j0
ベイズの定理
P(B|A)=P(A|B)P(B)/P(A)

で?

2 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:29:17.260 ID:D4gPVzET0
ペェズリの定理に見えた
3 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:30:06.850 ID:FOlPS+YT0
病床の待ち行列とか計算しといて
4 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:31:51.106 ID:vtGA9PPK0
リトルの公式も使え
5 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:33:12.653 ID:ogRG5a9j0
P(陽性|罹患者):PCR検査で罹患者が陽性になる確率
P(罹患者|陽性):PCR検査で陽性が罹患している確率
6 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:35:55.424 ID:ogRG5a9j0
P(罹患):罹患している確率
P(陽性):罹患しているかどうかに関わらずPCR検査で陽性になる確率
7 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:37:01.510 ID:GrUeulby0
P(罹患):罹患している確率
これだけわかれば十分だな
8 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:38:24.347 ID:ogRG5a9j0
で?
9 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:45:28.085 ID:ogRG5a9j0
各種の数字が分からんw
10 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:47:26.189 ID:18IQzT/L0
初期値は分析者が独断で決めていいよ
11 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:51:53.927 ID:ogRG5a9j0
厚労省から4/25のデータ(累計)
検査人数147,454人、感染者人数12,829人
12 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:54:24.660 ID:ogRG5a9j0
P(陽性)=12,829/147,454=0.087
13 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 18:55:58.805 ID:ogRG5a9j0
なんか違うなw
14 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:01:08.072 ID:ogRG5a9j0
https://qiita.com/oki_mebarun/items/ee345ba45c7d3752b54c
感度(sensitivity または再現率 recall): 罹患している場合に陽性となる割合
特異度(specificity): 罹患していない場合に陰性となる割合
適合率(precision): 陽性の中で罹患している割合
正解率(accuracy): 全体の中で罹患して陽性、罹患していなくて陰性の割合
15 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:05:06.641 ID:ogRG5a9j0
P(陽性|罹患者)←感度
P(罹患者|陽性)←適合率
16 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:08:17.197 ID:ogRG5a9j0
新コロのPCR検査の感度→70%、特異度→90%以上(99%とする)
17 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:15:14.987 ID:ogRG5a9j0
P(罹患者|陽性)=1-(1-特異度)/P(陽性)

1-特異度:罹患していない場合に陽性となる割合

18 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:20:04.876 ID:ogRG5a9j0
P(罹患者|陽性)=1-(1-特異度)/P(陽性)=1-0.01/0.087=0.885

P(罹患者|陽性)←適合率=89%

19 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:24:41.743 ID:ogRG5a9j0
ベイズの定理
P(B|A)=P(A|B)P(B)/P(A)

P(罹患者|陽性)=P(陽性|罹患者)P(罹患者)/P(陽性)
0.885=0.70*P(罹患者)/0.087
P(罹患者)=0.110

20 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:25:50.403 ID:ogRG5a9j0
結論:日本国内の罹患者は11%、132万人
21 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:30:53.519 ID:ogRG5a9j0
>>20
間違いw

日本の罹患率11%、1320万人w

22 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:31:19.665 ID:ogRG5a9j0
1320万人はやばいw
23 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:32:38.980 ID:ogRG5a9j0
P(陽性)に慶応病院の数値6%を使った場合
P(罹患者)=0.885/0.7*0.06=0.0759

日本国内の罹患率7.6%、912万人

24 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:54:23.030 ID:JE4OAWf10
これなんか違う気がするな
25 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 19:56:59.162 ID:JE4OAWf10
厚労省のデータから無症状者を偽陽性と考えてPCR検査の精度を再評価する
26 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:07:04.366 ID:JE4OAWf10
症状あり:7787人、無症状:820人

P(偽陽性)=820÷(7787+820)=0.0952

27 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:15:07.989 ID:ACLEqXJd0
>>26
P(偽陽性|陽性)=0.0952 かな
28 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:26:28.878 ID:ACLEqXJd0
>>27
やっぱり違うな。P(陽性|偽陽性)はおかしいもんな
29 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:37:10.807 ID:y9ABPA1B0
P(偽陽性)=1-P(罹患|陽性)

こうか

30 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:38:31.277 ID:y9ABPA1B0
P(罹患|陽性)=1-P(偽陽性)=1-0.092=0.908
31 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:42:28.221 ID:y9ABPA1B0
>>30
(誤)0.092→(正)0.0952
(誤)0.908→(正)0.9048
32 名前:番組の途中ですが翡翠の名無しがお送りします 投稿日時:2020/04/25(土) 20:43:09.928 ID:y9ABPA1B0
P(偽陽性)=1-特異度

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